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通常情况下，日本大学主要是按照地区来进行排名的，其排名顺序取决于地区内各大学偏差值的高低，并没有一个被广泛认可的全国性综合排名体系。不过，那些在世界上极具权威性的排名机构，始终都会给出日本国内大学的相关排名信息，而这些排名也完全能够当作是对日本国内高校进行排名时的关键参照依据。
另外，在日本民间还时常会出现一种 S - F 级别的等级划分方式，这种等级划分综合考量了各大学学部以及学科的偏差值，同时也兼顾了大学的传统影响力、毕业生就职状况等多方面的因素。以下便是一些常见的日本大学排名情形，同学们可以拿来作为参考资料使用。
在全球大学的排行榜单里，日本大学的排名常常呈现出被低估的态势。这主要是由于在世界大学排名的基本准则当中，“论文被引用数” 以及 “国际化程度” 通常属于极为关键的两项评分指标。
日本大学的学术研究成果大多通过日文撰写论文来呈现，并非采用国际通用的英文进行创作。如此一来，这些论文在国际学术界被其他学者引用的可能性便相对较低，进而导致在以英文语境为主导的世界大学排名体系中，日本大学在 “论文被引用数” 这项关键指标上难以获取较高的分数，最终使得其整体排名被拉低，出现被低估的情况。
偏差值，是日本人用于计算学生智能与学力的数值，它与个人分数无直接关联，而是反映考生在全体中的水准顺位，在日本被视为学习水平的精准体现。
偏差值对日本学部（本科）申请较为适用，修士、博士申请也可作适当参考。若需更精准信息，可查看各专业院校偏差值排行，因不同专业的偏差值存在差异。
大学分级所凭借的基准源于日本东进的大学入试难易度资料，通过计算各大学各个学科的平均及最高偏差值，并综合一些其他参数来进行排序。
其分级从 S 级至 E 级涵盖了 170 所学校，而未被纳入这 170 所学校之列的则统一被划分至 F 级。
在日本，通常而言偏差值越高，意味着录取的难度越大，与之对应的专业院校的综合水平也就越高。一般来说，偏差值达到 50 以上便高于平均分数了，要是能达到 60 以上，往往就有机会考入比较不错的院校专业，而偏差值处于 70 以上则属于较高的阶段。
关于日本高校的偏差值与院校类比情况如下：
65~75之间 ≈ 985/211院校
位于55~65 ≈ 普通一本院校
位于45~55 ≈ 二本院校
35~45之间 ≈ 三本或大专院校
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